干酪熟化過程中，由于凝塊中的微生物和酶使蛋白質(zhì)、脂肪、碳水化物（ 乳糖）及其他成分發(fā)生水解，這使干酪發(fā)生理化變化。例如，較難溶解的干酪蛋白質(zhì)，被分解成較簡單的化合物（ 月示 和胨），最后再分解成較易溶解的小分子量的肽和氨基酸。這些種可溶性含氮物使干酪具有了較柔軟的質(zhì)地。水溶性氨基酸含量百分率與干酪香味的強度之間有相關(guān)關(guān)系。在硬干酪的熟化中，干酪素轉(zhuǎn)化為較為可溶的含氮化合物；而軟干酪，其內(nèi)較大比例的（ 約二分之一）不溶性副干酪素，轉(zhuǎn)變成可溶狀態(tài)，這成為干酪較軟的原因。軟干酪中的氨基酸，從蛋白質(zhì)中游離出來的速度較快，并釋放出較多的氨。而硬干酪，特別是有硬殼的硬干酪，其蛋白質(zhì)水解是從里到外均勻地發(fā)生。

熟化期間某些種氨基酸的脫酸基作用，以緩慢而穩(wěn)定的速度產(chǎn)生著二氧化碳氣，干酪中的氣孔（ 氣眼）主要就是這種二氧化碳氣形成的。熟化期間，胺、氨基酸和肽轉(zhuǎn)化成化合物，賦予干酪的香味。概括地說，熟化期間的蛋白質(zhì)水解是干酪出現(xiàn)特有質(zhì)地和香味的媒介。有些種干酪在熟化期間，其脂肪被解脂酶水解，使脂肪酸游離出來。這種脂肪酸使不同的干酪?guī)溪毺氐南阄丁?/div> 生物技術(shù)是另一個能夠改進奶酪生產(chǎn)的技術(shù)。從吃奶小牛身上提取出來的凝乳酶精制的凝乳酶作為干酪生產(chǎn)中的凝聚劑一直供不應求。因此，盡管在高質(zhì)量奶制品生產(chǎn)中仍然用牛身上提取的凝乳酶，在奶酪生產(chǎn)中已使用其它代用品。

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